Фамилия Заплишняя — редкий случай среди восточнославянских фамилий, где ударная форма женского рода закрепилась в качестве основной и неизменяемой. Перед нами не вариант мужской фамилии (Заплишний), а именно та форма, в которой фамилия бытует у носителей, независимо от пола. Такое возможно, если фамилия образована от прилагательного, которое в исходном говоре звучало как «заплишняя» — то есть та, что находится за плющем.

Корень здесь — «плющ» (вьющееся растение). С приставкой «за-» и суффиксом «-н-» слово «заплющный» или «заплишний» означало «находящийся за плющом», «тот, кто живёт за зарослями плюща». В южнорусских и украинских говорах «плющ» мог звучать как «плищ» или «плюш», отсюда и чередование в корне: Заплишняя — это «заплющная», то есть живущая за плющевой изгородью. Суффикс «-н-» типичен для прозвищ по месту жительства: ср. Заречный, Загорный.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине, особенно к бывшим казачьим областям. В реестре Войска Запорожского встречаются прозвища с корнем «плющ» — например, Плющ, Плющенко. Форма на «-яя» характерна для фамилий, которые в XIX веке фиксировались в метриках как прилагательные женского рода: Заплишняя, Задорожняя, Заболотняя. Это не ошибка писаря, а отражение местной традиции — женщину называли по прозвищу мужа или отца в женском роде, и со временем это закрепилось как фамилия.

Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с диалектным глаголом «заплющить» (закрыть, прижать). Тогда прозвище Заплишняя могло относиться к человеку с прищуренными глазами или к тому, кто «заплющил» что-то — например, дверь. Но эта гипотеза слабее: форма «заплишняя» нехарактерна для отглагольных прозвищ, а вот топонимическая модель (по месту) для фамилий на «-н-» — самая распространённая.

В дореволюционных источниках фамилия встречается в списках мещан и крестьян Харьковской, Полтавской и Воронежской губерний. Сословно — преимущественно крестьянская или казачья, без дворянских корней. Сегодня носители фамилии рассеяны по всей России и Украине, но её редкость (единицы на миллион) говорит о том, что родословная, скорее всего, восходит к одному или нескольким локальным родам из одного села.