Фамилия Зарницын образована от прозвища или нецерковного имени Зарница. В русских говорах «зарница» — это отдалённая вспышка молнии без грома, особенно в летнюю ночь, а также «зарево», «отблеск пожара» или даже «утренняя заря». Слово живописное, но прозвище с такой основой могло достаться человеку по разным причинам: либо за вспыльчивый, «огненный» нрав, либо за внешность (например, рыжие волосы), либо по обстоятельствам рождения — в пору зарниц или на заре. Не исключён и более прозаический вариант: прозвище могли дать крестьянину, чья изба стояла на отшибе и первой ловила свет зарниц, или же тому, кто работал по ночам, сторожил поле.

Суффикс -ин указывает на типичную модель русских фамилий, образованных от основ на -а/-я. Зарницын буквально означает «сын Зарницы» или «принадлежащий Зарнице». Такая модель была распространена в северных и центральных губерниях России, где фамилии на -ин так же привычны, как на -ов на юге. Встречается и параллельная фамилия Зарницкий — с суффиксом -ский, характерным для польской или украинской традиции, но Зарницын остаётся более «великорусским» вариантом.

В словарях русских фамилий, например у Б. Унбегауна, основа «зарница» не относится к числу частых, что делает фамилию довольно редкой. По сравнению с однокоренными Заря, Зарев, Зарин, Зарницын звучит более образно и конкретно — в ней слышен не просто свет, а именно вспышка, мгновенный огонь. В дореволюционных источниках фамилия фиксируется в основном в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает её «крестьянское» происхождение: в этих краях прозвища от природных явлений давали охотно.

Географически Зарницыны встречаются рассеянно, без ярко выраженного гнезда. В советское время фамилия не получила широкой известности, и в списках знаменитых носителей она не значится. Но для того, кто носит её сегодня, в ней сохранилась редкая поэтичность: фамилия буквально светится, напоминая о летней ночи и далёкой молнии, которую предки заметили и закрепили в прозвище.