Фамилия Зарницына — женская форма мужской фамилии Зарницын. В основе лежит слово «зарница»: отдалённая вспышка света на горизонте, предвестник грозы, а также народное название утренней или вечерней зари. Человек мог получить прозвище Зарница по разным причинам: за вспыльчивый характер, за неожиданные поступки или, напротив, за спокойствие, которое предшествовало «буре». Иногда так называли ребёнка, родившегося в сумерки или на закате.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для русского севера и центра: суффикс -ин указывает на принадлежность. Зарницын — буквально «сын Зарницы» или «человек из семьи Зарницы». Окончание -а в женском варианте — стандартное согласование по роду.

Примечательно, что фамилия почти не встречается в старых дворянских родословных и не связана с известными помещичьими родами. Она бытовала в крестьянской и мещанской среде, особенно в Вологодской, Архангельской и Пермской губерниях. Это подтверждается данными переписей XIX века: носители фамилии чаще всего числились государственными крестьянами или ремесленниками. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто образовывались от мирских имён (Заря, Зорька), вариант на -ин закрепился именно за прозвищем, а не за календарным именем.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с диалектным глаголом «зарничать» — завидовать, зариться на чужое. Но в этом случае фамилия звучала бы как Зарничников или Зарничкин. Прямая основа «зарница» в значении «вспышка» остаётся основной.

В XX веке фамилия не получила широкого распространения за пределами исходных регионов, поэтому её носители сегодня — люди, чьи предки жили на Русском Севере или в Приуралье.