Фамилия Затоковенко — редкая и с очень прозрачной, но неочевидной на первый взгляд основой. Она отчетливо украинская по происхождению, на что указывает суффикс -енко (в безударной позиции часто переходящий в -енко), который в XVI–XVII веках был основным патронимическим формантом на землях современной Центральной и Восточной Украины. Первоначально такие фамилии означали «сын такого-то» или «потомок».

Корень здесь — «заток-». Самое прямое и правдоподобное объяснение: от слова «затока» — украинского варианта русского «залив», «бухта». В говорах «затока» могла означать также заводь, затон, часть реки, отгороженную от основного течения. Тогда Затоковенко — это «сын человека, жившего у затоки», то есть у залива или речной заводи. Прозвище Заток или Затока давали человеку, чей дом стоял возле такого места, либо приезжему с берегов Днепра или другого полноводного водоема.

Менее вероятная, но допустимая версия связывает основу с глаголом «затокати» — в некоторых диалектах это «затыкать», «запирать», а в переносном смысле — «мешать», «препятствовать». В таком случае прозвище Затока могло закрепиться за нерасторопным или, наоборот, упрямым человеком, который «затыкает» собой проход. Однако географическая версия кажется предпочтительнее: фамилий, образованных от названий форм рельефа и водоемов (Озеров, Береговой, Долинский), в украинской ономастике значительно больше, чем от редких глагольных форм.

Интересно, что фамилия Затоковенко не встречается в массовых списках казацкой старшины и мещанства XVIII века — это говорит о ее сравнительно позднем закреплении или о происхождении из крестьянской среды. Встречаются и варианты написания: Затоковенко, реже Затоковенко, где ударение, скорее всего, падало на предпоследний слог, как это типично для фамилий на -енко (ср. Шевченко, Тимошенко). Сегодня фамилия крайне редка, ее носители рассеяны по Украине и югу России, и каждый из них с высокой вероятностью ведет род от человека, жившего когда-то у речной заводи.