Фамилия Затоковая — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает прозвищное происхождение. Корень здесь — «заток», который в русских говорах означает залив, заводь, узкий речной рукав или место, где река подходит к берегу вплотную. Человек, получивший такое прозвище, скорее всего, жил у такого залива или на косе, отгороженной водой. Формант «-ов» указывает на принадлежность («чей?»), а суффикс «-ая» — это типичное окончание женской формы фамилии, которое закрепилось в документах. То есть исходная мужская фамилия — Затоков.

Слово «заток» не стоит путать с глаголом «затекать»: в ономастике это именно топографический термин. В словаре русских народных говоров зафиксировано, что «заток» — это «залив, глухой рукав реки». Такая модель образования (основа-топоним + суффикс принадлежности) характерна для северных и сибирских регионов, где рельеф и гидрография играли ключевую роль в именовании поселений и людей. Встречаются однокоренные фамилии Затокин, Затоковский, но Затоковая — вариант с более прозрачной географической подоплёкой.

Сословная принадлежность носителей неочевидна: фамилия могла возникнуть как у крестьян, живших на берегу, так и у служилых людей, получивших земельный надел при реке. В дореволюционных метрических книгах фамилия изредка встречается в Курской и Воронежской губерниях, что косвенно указывает на южнорусский ареал бытования — там действительно много мелких речушек с заводями. Однако массового распространения она не получила, что делает её локальной и редкой.

Есть и альтернативная версия: основа «заток» могла быть прозвищем человека, который «затокал» — то есть забивал, заколачивал что-то (от глагола «токать» — стучать, бить). Но она слабее, так как в русской антропонимике прозвища от глаголов в чистом виде без суффикса деятеля (-тель, -ун) почти не образовывали фамилий. Поэтому версия с речным заливом остаётся основной.