Фамилия Затона образована от прозвища, а точнее — от слова «затон». В русском языке затоном называют часть речной акватории, защищённую от течения и ледохода: естественный залив, старицу или участок, отгороженный дамбой. Такие места традиционно использовали для зимнего отстоя судов и размещения судоремонтных мастерских. Скорее всего, человек, получивший прозвище Затон, жил рядом с таким местом — либо работал на нём, либо его дом стоял на берегу затона.

В основе фамилии лежит не имя, а именно нарицательное существительное, что указывает на её «географическое» происхождение. Модель образования проста: прозвище Затон перешло в фамилию без изменений, без типичных суффиксов -ов, -ев или -ин. Это характерно для прозвищной традиции, когда человека называли по месту жительства, а затем это прозвище закреплялось за родом. В официальных документах форма «Затона» могла быть зафиксирована в родительном или именительном падеже (сравните: «Иван Затон» — «сын Затона»).

Не стоит исключать и топонимическую версию. На территории России есть несколько населённых пунктов с названием Затон — в Поволжье, на Урале и в Сибири. Предок носителя фамилии мог быть выходцем из одного из таких сёл, и фамилия закрепилась за ним как указание на прежнее место жительства. В ономастике это один из самых частых путей образования русских фамилий.

Сравните с однокоренными фамилиями: Затонский, Затонов, Затонцев. Форма «Затона» встречается реже, что делает её более локальной и, возможно, связанной с конкретным регионом — например, с казачьими областями, где затоны играли роль в речном хозяйстве. Точных статистических данных по распространённости фамилии нет, но логично предположить, что чаще всего она встречается в бассейнах крупных рек — Волги, Дона, Оби.

Таким образом, фамилия Затона — это либо прозвище человека, жившего у речного затона, либо «географическая» фамилия, указывающая на родное село. В любом случае, её корень лежит в ландшафте и хозяйственном укладе русских речных регионов.