Фамилия Затоновы — редкий случай, когда прозвище предка напрямую связано с конкретным природным объектом: затоном. Так называют часть реки, укрытую от ледохода и течения. Затоны бывают естественными (залив на месте старого русла) и искусственными (отгороженные дамбами). В них часто зимуют суда и стоят ремонтные мастерские.

Слово «затон» легко становилось прозвищем. Если человек жил у такого места, его так и начинали называть соседи. Но есть и вторая версия: на карте России больше десятка сёл и деревень с названием Затон. Выходец оттуда получал прозвище по месту прежнего жительства, а оно позже закреплялось за его детьми как фамилия.

Модель образования простая: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — Затонов, то есть сын Затона). Такая патронимическая модель в XVI–XVII веках была самой ходовой среди крестьян и посадских людей центральной России.

Самобытность фамилии не только в корне, но и в суффиксе множественного числа «-ы» в начальной форме (Затоновы). Это характерно для фамилий, которые сложились в форме родительного падежа множественного числа: «из семьи Затоновых». Такая форма часто встречается в южнорусских и украинских говорах, а также в документах XIX века, когда фамилию записывали сразу для всей семьи.

Точное место и век возникновения фамилии без архивных изысканий не установить: затоны есть на Волге, Дону, Оби, а значит, предки Затоновых могли быть и волжскими бурлаками, и сибирскими речниками, и крестьянами, чья деревня стояла на старице.