Фамилия Затонная — редкий случай, когда географический термин стал фамилией, причём сразу в женской форме. В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев или -ин, которые образуются от имени или прозвища отца, Затонная — это «окаменевшее» прилагательное, закрепившееся за человеком напрямую. Основа — слово «затон», то есть речной залив, заводь, глубокое место в реке, защищённое от течения. Так называли и тихую часть реки у берега, и искусственный бассейн для зимовки или ремонта судов.

Словообразовательная модель проста: прилагательное «затонный» (относящийся к затону) в женском роде — «затонная». Такие фамилии типичны для южнорусских и украинских земель, где прозвища по месту жительства часто давались в форме прилагательного: Затонный, Затонская, Затонна. Человек мог жить у затона, работать на затоне — быть рыбаком, бакенщиком или речником. Не исключено, что фамилия возникла в среде донских или запорожских казаков, где речные термины были обиходными, а прозвища по гидронимам — обычным делом.

В отличие от фамилий на -ский (Затонский), которые чаще указывают на дворянское или шляхетское происхождение, форма Затонная — народная. Она не прошла через книжную фиксацию в семинариях, а сложилась в крестьянской или мещанской среде. Окончание -ая, а не -ская, подсказывает, что фамилия бытовала в говорах, где прилагательные в роли фамилий не переделывали на церковнославянский лад.

Ударение в фамилии, скорее всего, на втором слоге: Зато́нная, созвучно с «зато́н». Встречается и вариант Затонна́я — с ударением на окончание, что характерно для южных диалектов. Сплошной статистики по носителям нет, но фамилия редкая, встречается в Волгоградской, Ростовской областях и на Кубани — то есть в регионах, где речной транспорт и рыбный промысел были основой хозяйства.

Другие фамилии того же корня — Затонский, Затонов — более часты, но Затонная стоит особняком. Она сохранила прямую связь с ландшафтом и занятием предка: не «чей-то сын», а «та, что живёт у затона».