Фамилия Зайдинер — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка связано с еврейской традицией фамилий-топонимов. Основа «Зайд-» указывает на немецкое или идишское название города Зайден (Seiden) в Силезии (ныне территория Польши), либо на созвучное местечко в Восточной Европе. Суффикс «-ер» в таких фамилиях (ср. Шнайдер, Циркунер) обозначал выходца из определённого места: Зайдинер — «тот, кто из Зайдена» или «житель Зайдена». Это типичная модель для ашкеназских фамилий, сложившихся в Австро-Венгрии и Германии в конце XVIII — начале XIX века, когда евреям предписали взять фамилии по месту жительства или происхождения.

Вторая версия, менее вероятная, но не исключённая, — связь с идишским словом «зайд» (шёлк). Тогда Зайдинер мог означать ремесленника, работавшего с шёлком, — торговца или ткача. Однако в пользу первой гипотезы говорит то, что фамилия встречается у еврейских семей, переселившихся на западные территории Российской империи (Волынь, Подолье) и в Прибалтику, где силезские корни были не редкостью.

В русском контексте фамилия почти не ассимилировалась — не получила славянских суффиксов -ов или -ин, что подчёркивает её позднее закрепление в документах. Носители Зайдинер — в основном потомки еврейских местечек, часто связанные с торговлей или ремёслами. В советское время фамилия встречалась среди интеллигенции, врачей и инженеров, но оставалась малочисленной.

Искать однокоренные варианты в славянских языках бессмысленно: корень «зайд-» не имеет параллелей в русских прозвищах или именах. Единственное, что объединяет фамилию с русской средой, — это её запись кириллицей, которая могла варьироваться: Зайденер, Зайднер. Но именно форма Зайдинер с ударением на второй слог устойчивее всего.