Фамилия Зайдин — редкий случай, где на первый план выходит не суффикс, а сама основа, которая сразу задаёт направление поиска. В русских фамилиях суффикс -ин стандартно указывает на принадлежность: «чей?» — Зайдин, то есть сын или потомок человека, которого звали или прозывали Зайда. Вопрос в том, что скрывается за этим прозвищем.

Самая вероятная версия — тюркское происхождение. В тюркских языках, особенно в татарском и башкирском, слово «зайд» или «зайит» восходит к арабскому «саййид» (господин, потомок пророка). В просторечии форма «Зайда» или «Зайдин» могла закрепиться как личное имя или уважительное прозвище. Для Поволжья и Приуралья, где веками жили татары и башкиры, а русское население активно контактировало с ними, такой переход естественен. Фамилия могла возникнуть у крещёного татарина или у русского, получившего прозвище от соседей-мусульман.

Есть и вторая, менее очевидная линия. В некоторых русских говорах «зайда» — диалектное слово, означающее задиру, забияку, человека, который «заидает» (задевает, пристаёт). В этом случае фамилия чисто русская, прозвищная, образованная по той же модели, что и Задирин, Задира. Однако эта версия слабее: слово «зайда» в значении «задира» фиксируется редко и локально, тогда как тюркские имена с корнем «зайд» встречаются в документах гораздо шире.

Интересно, что фамилия Зайдин почти не имеет географического «центра» в старых русских переписях. Она не привязана к одному региону, как, например, типично ярославские или архангельские фамилии. Это тоже косвенно указывает на её позднее происхождение или на миграционный характер — носители могли выйти из татарской среды, расселившись по разным губерниям. Встречаются варианты написания через «о» (Зойдин), но они ещё реже и, скорее всего, результат оканья или ошибки писаря.

Сословная принадлежность предков Зайдиных не прослеживается по самой фамилии: суффикс -ин в равной степени давали и крестьянам, и мещанам, и духовенству. Если корень тюркский, то предки могли быть служилыми татарами, купцами или муллами. Если русский — то обычными крестьянами или посадскими. Точнее можно сказать только после изучения конкретной семейной истории и места выхода рода.