Фамилия Зайдлин — одна из тех, что сразу выдают ашкеназское еврейское происхождение. Её основа — мужское личное имя Зайдл, которое в свою очередь является уменьшительно-ласкательной формой от имени Зайд (Зайд). В идише это имя напрямую связано с древнееврейским «цадок» — «праведный». Таким образом, исходное значение фамилии — «сын (или потомок) Зайдла», где суффикс -ин указывает на принадлежность.

Интересно, что фамилия Зайдлин встречается почти исключительно у евреев-ашкеназов, и её география широка. В Российской империи конца XIX — начала XX века носители фамилии фиксировались в черте оседлости: на территории современных Украины, Беларуси, Литвы и Польши. Встречается она и в варианте Зайдлина (женская форма, которая в русском языке закрепилась за некоторыми семьями). Модель образования на -ин для еврейских фамилий типична, но не так распространена, как фамилии на -ский или -ович, что делает Зайдлин более узнаваемой и менее подверженной путанице с фамилиями из других языков.

В ономастике существует и альтернативная версия, связывающая основу с немецким словом «Seidel» (кружка, пивная посуда). Однако эта гипотеза слабая: она не объясняет суффикс -ин и не находит массового подтверждения в документах. Правдоподобнее исходить из личного имени, тем более что в идише и иврите имя Зайдл (и его варианты Зейдел, Зейдл) было довольно популярным. Родственными фамилиями можно считать Зайдерман, Зайдов, Зайдис, а также более редкие Зайдлер и Зайдлинский.

Кем могли быть предки носителя фамилии Зайдлин? Скорее всего, это не потомки раввинов или знатных родов, а люди из небогатых еврейских местечек: ремесленники, торговцы, возможно, арендаторы или владельцы небольших лавок. Фамилия не указывает на конкретное занятие, а просто фиксирует родовое имя, что типично для массового присвоения фамилий еврейскому населению в конце XVIII — начале XIX века. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках Зайдлины часто записаны мещанами или купцами третьей гильдии.