Фамилия Зайдуллин образована от арабского имени Зайдулла, которое сложили из двух частей: «заид» означает «дар, подарок», а «улла» восходит к «Аллах» — Бог. Вместе имя даёт значение «подарок Аллаха». Такие составные имена с божественной отсылкой типичны для мусульманской традиции: родители так выражали благодарность за рождение ребёнка или просьбу о покровительстве.

По словообразовательной модели фамилия Зайдуллин — яркий пример арабского имени, адаптированного русским суффиксом -ин. В татарской и башкирской среде, откуда фамилия происходит чаще всего, этот суффикс добавляли к именам на -а, -я, превращая личное имя в фамилию: Зайдулла → Зайдуллин. Суффикс -ин здесь работает как показатель принадлежности, отвечая на вопрос «чей?»: буквально «сын Зайдуллы» или «из рода Зайдуллы».

Иногда фамилию ошибочно связывают с тюркским корнем «зайд» — «лишний, избыточный», но это неверно. Арабское происхождение имени подтверждается и тем, что в исламском ономастиконе есть параллельные формы: Зайнулла («украшение Аллаха»), Гибадулла («раб Аллаха»). Все они строятся по одной модели.

Географически фамилия Зайдуллин распространена в Татарстане, Башкортостане, а также среди татарских диаспор в Оренбургской, Челябинской и Свердловской областях. В дореволюционных метрических книгах встречаются варианты написания Зайдулов и Зайдуллов — это следы разного произношения в местных говорах или ошибок писарей при записи. Современное написание с удвоенной «л» закрепилось как нормативное.

Сословно предки Зайдуллиных относились к государственным или ясачным крестьянам, реже — к торговцам и муллам. В отличие от дворянских фамилий на -ский, эта фамилия не указывает на владение землёй, а прямо называет родоначальника по его личному имени. Так что главный ответ на вопрос «кем были предки» простой: их звали Зайдуллой, и это имя несло благодарность и надежду.