Фамилия Зайнабеков образована по распространённой на Кавказе и в Средней Азии модели от мужского имени Зайнабек. В основе лежит женское арабское имя Зайнаб (от «зайн» — «краса», «украшение») и тюркский компонент «бек» (господин, князь). Сложносоставное имя Зайнабек, таким образом, означает «красивый, как Зайнаб, господин» или «господин, подобный Зайнаб» (За́йнаб — имя дочери пророка Мухаммеда). Суффикс -ов указывает на принадлежность: «из рода Зайнабека», «сын Зайнабека».

Интересная деталь: в отличие от фамилий на -ев, которые обычно присоединяются к основам на мягкий согласный, здесь -ов стоит после твёрдого «к». Это говорит о том, что фамилия закрепилась в русской документальной традиции, где тюркские имена адаптировались по законам русской грамматики, не смягчая конечный согласный. Сравните с фамилией Зайнабекян — армянским вариантом с суффиксом -ян, который встречается реже.

Географически фамилия Зайнабеков тяготеет к Дагестану и Чечне, где имя Зайнабек (часто как уважительное обращение к старшему или религиозному деятелю) бытовало среди кумыков, чеченцев и аварцев. Встречается она и у казахов, но там форма обычно Зайнабеков или Зайнабекулы. В русских переписях фамилия фиксируется с XIX века у горцев, принявших российское подданство, когда приставка -ов стала обязательным элементом фамилии для мусульманских народов империи.

Социальный контекст: носители фамилии, скорее всего, происходят из среды зажиточных крестьян или духовенства, так как компонент «бек» указывает на знатное или уважаемое происхождение. Однако в XX веке фамилия полностью демократизировалась и встречается у людей самых разных профессий. Спорных версий происхождения нет — основа прозрачна, хотя некоторые ошибочно считают её производной от названия растения (зайнаб — это не растение, а имя).