Фамилия Зэенко — редкий случай, когда написание почти полностью сохранило иноязычную основу, но словообразовательная модель — чисто украинская. Суффикс -енко указывает на происхождение с территории современной Украины и традиционно обозначал потомка, сына человека, названного в основе. В данном случае основа — «Зэе» или «Зэ», что сразу выводит нас за пределы славянского именослова.

Скорее всего, фамилия образована от немецкого или идишского имени или прозвища. Самый прямой кандидат — немецкое имя See (море) или фамилия See, которая могла попасть в украинскую среду через колонистов. В XVIII–XIX веках на юге Украины, в частности в Запорожской, Херсонской и Одесской губерниях, существовали немецкие поселения. Фамилия See (произносится «Зэ») при адаптации получила типичный украинский патронимический суффикс -енко, превратившись в Зэенко. То есть предок носителя фамилии мог быть немцем по фамилии Зэ, а его сына уже называли Зэенко — «сын Зэ».

Есть и менее вероятная версия — от еврейского имени Зеев (волк) или его производных. В идише это имя могло звучать как Зэв или Зэ. Но тогда форма скорее была бы Зэвенко или Зэвович, а не Зэенко. Кроме того, фамилии на -енко у еврейского населения Украины встречались, но редко, чаще использовались суффиксы -ович/-евич или -ский.

Географически фамилия Зэенко сегодня встречается преимущественно в Украине и в южных регионах России, что подтверждает её связь с историческими районами немецкой колонизации. В дореволюционных метрических книгах фамилия могла записываться как Зеенко — с одной «э» или через «е», но написание с удвоенной «э» (Зэенко) — более точная передача произношения исходного немецкого See. Таким образом, фамилия Зэенко — это не славянское прозвище, а результат межкультурного контакта: немецкая основа, обросшая украинским суффиксом.