Фамилия Зеенко звучит необычно для русского уха, и это не случайно. Перед нами яркий пример фамилии, возникшей на стыке культур. Её основа — немецкая, а суффикс — типично украинский. Модель образования проста: к немецкому корню добавили уменьшительно-патронимический суффикс -енко, который в украинской традиции означает «сын» или «потомок». То есть Зеенко — это буквально «сын Зее» или «маленький Зее».

Корень «Зее» восходит к немецкому слову See, которое переводится как «озеро» или «море». В немецкой ономастике это типичный топонимический компонент: фамилии вроде Зее, Зееманн, Зееберг давали людям, жившим у водоёма или приехавшим из места с названием на «-зее». Вполне вероятно, что предок носителя фамилии Зеенко был немцем-колонистом, переселившимся в Российскую империю в XVIII–XIX веках, например, в Поволжье или Новороссию. Там его фамилию «Зее» адаптировали на местный лад, добавив типичное украинское окончание.

Встречается и более редкая версия — связь с голландским словом zee (тоже «море»), что указывает на возможное происхождение от голландских мастеров и специалистов, которых приглашали в Россию при Петре I. Однако украинский суффикс -енко чаще указывает на адаптацию именно в малороссийских губерниях, поэтому немецкое происхождение через колонистов выглядит правдоподобнее.

В русских документах фамилия могла писаться двояко: Зеенко и Зеенков. Второй вариант — результат русификации, когда украинское -енко заменили на русское -енков, характерное для фамилий бывшего однодворческого населения южных уездов. Но форма Зеенко сохранилась как более архаичная и точная.

Искать корни фамилии стоит в исторических областях расселения немецких колонистов: Запорожье, Херсонщина, Крым, а также в бывших Екатеринославской и Таврической губерниях. В этих местах фамилия Зеенко встречается и сегодня, напоминая о том, как иностранное имя прижилось на украинской почве, обросло местным суффиксом и стало звучать по-славянски.