Фамилия Зеенова, скорее всего, имеет тюркские корни и образована от прозвища или имени Зеен. Основа «зеен» восходит к тюркскому «зеен» или «зиин» — «вред», «убыток», «потеря». В переносном смысле так могли прозвать невезучего человека, того, кто часто терпел неудачи, или, напротив, бережливого хозяина, который старался избегать лишних трат. Встречается и другая версия: в некоторых диалектах «зеен» означает «узор», «орнамент» — тогда прозвище могли дать искусному мастеру-резчику или вышивальщику.

Суффикс «-ова» указывает на принадлежность: Зеенова — «дочь или жена Зеена». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ, которые нередко заимствовались из языков соседних народов — татар, башкир, казахов. Фамилия могла появиться в среде крещёных татар или в русско-тюркском пограничье, например, в Поволжье или на Урале.

Мужская форма — Зеенов. Встречается она редко, что говорит о локальном бытовании фамилии. Вероятно, родоначальник носителей Зееновых жил в небольшой деревне или слободе, где прозвище закрепилось за одной семьёй. В современных справочниках фамилия не упоминается среди массовых, что делает её интересным объектом для генеалогического поиска — предки могли быть крестьянами, ремесленниками или мелкими служилыми людьми.

Окончание на «-ова» однозначно указывает, что фамилия прошла через русскую грамматическую обработку: её носили люди, говорившие по-русски, но сохранившие память о тюркском происхождении прозвища.