Фамилия Зефирова ставит перед исследователем дилемму: она может указывать либо на ремесло предка, либо на книжное, искусственное происхождение. В первом случае в основе лежит прозвище Зефир, связанное с торговлей шерстью. В текстильном деле «зефиром» называли высший сорт гребенной (овечьей) шерсти, а также легкую прозрачную ткань из нее. Следовательно, предок мог быть купцом, торговцем сукном или владельцем мастерской по производству такой материи. Эта версия объясняет фамилию через реальное занятие человека, что характерно для многих русских родовых именований.

Вторая версия относит фамилию к числу «семинарских» — искусственных фамилий, которые давали воспитанникам духовных училищ и семинарий. Здесь слово «Зефир» берут не из торгового лексикона, а из античной мифологии: греческое zephyros означает «западный ветер». Такие фамилии часто присваивали за красивое звучание или по календарю, где память святого совпадала с поэтическим названием ветра. В пользу этой гипотезы говорит то, что фамилия Зефирова встречается не только в купеческой среде, но и среди духовенства.

Модель образования проста: суффикс -ов (в женском роде -а) указывает на принадлежность — «дочь или жена Зефира». Спор между двумя трактовками разрешить непросто, но вторая версия (семинарская) кажется более правдоподобной, если учитывать, что прозвище от названия ткани было бы скорее узкопрофессиональным, а греческий корень хорошо вписывается в традицию искусственных фамилий XVIII—XIX веков.