Фамилия Зеленикин — яркий пример того, как русская фамилия может быть образована от прозвища, а не от имени или профессии. В её основе лежит прилагательное «зелёный», но не в прямом цветовом значении, а в переносном, прозвищном.

Самая вероятная версия: прозвище Зелёный на Руси давали человеку с болезненным, землистым цветом лица либо, наоборот, слишком молодому, неопытному, «зелёному» юнцу. В некоторых говорах «зеленя» — это озимые всходы, и прозвище могло относиться к крестьянину, чьи поля особенно буйно зеленели, или к тому, кто жил возле зелёного луга. Встречается и более редкое значение: «зелёными» называли пьяниц, у которых от злоупотребления зеленым вином (водкой) лицо приобретало синевато-зеленый оттенок.

Суффикс -их- в фамилии Зеленикин — редкий и показательный. В русской ономастике фамилии на -ихин/-икин обычно образуются от прозвищ с окончанием -иха. То есть сначала появилось прозвище Зелениха (жена или вдова Зелёного, либо женщина с таким же прозвищем), а затем от него — фамилия Зеленикин, буквально «чей?» — «сын Зеленихи». Такая модель характерна для северных и сибирских регионов России, где фамилии на -ихин были особенно распространены (например, Глазихин, Шумихин). Таким образом, Зеленикин — это не просто «потомок Зелёного», а более сложная, двухступенчатая конструкция: от мужского прозвища через женскую форму к отчеству.

Встречаются и однокоренные фамилии: Зеленин, Зеленов, Зеленкин, Зеленцов. Но Зеленикин стоит особняком именно из-за своего редкого суффикса, который сразу указывает на возможное северное или сибирское происхождение рода. Сословного барьера у этой фамилии не было: прозвище Зелёный мог получить и крестьянин, и посадский человек, и даже мелкий служилый люд. Фамилия недворянская, но и не искусственная — она выросла из живой народной речи.