Фамилия Зеленикова — женская форма, а её мужской вариант — Зелеников. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Зеленик. В русских говорах «зелеником» называли торговца зеленью, овощами, а также молодого, неопытного человека — по аналогии с незрелым, «зелёным» плодом. В некоторых диалектах слово имело иное значение: так могли прозвать любителя зелёного лука или щей из свежей зелени. Менее вероятна связь с названием растения «зеленика» — так в отдельных регионах называли можжевельник или чернику, но эта версия не подкреплена частотностью прозвищ в исторических документах.

Суффикс -ов- в фамилии Зелеников указывает на типичную модель образования русских фамилий от личных имён и прозвищ в XVI–XVII веках. Первоначально Зелеников — это «сын Зеленика», то есть потомок человека с таким прозвищем. Фамилия не относится к числу распространённых, но встречается в разных регионах России, особенно в центральных и северных областях, где прозвища от ремёсел и характерных черт были особенно живучи.

Интересно, что в отличие от более частых фамилий на -ов (Иванов, Петров), основа Зеленик почти не фиксируется в древних актах как самостоятельное имя. Это говорит о том, что прозвище было скорее бытовым и местным, не перешедшим в разряд канонических имён. В словаре русских фамилий Б. Унбегауна подобные образования от названий профессий и качеств описываются как типичные для крестьянской и посадской среды, где фамилии закрепились позже, чем у дворянства. Таким образом, предки носителей фамилии Зелеников с наибольшей вероятностью были либо мелкими торговцами, либо людьми, получившими прозвище за молодость или наивность, и жили преимущественно в сельской местности.