Фамилия Зейин — редкий случай, когда происхождение почти наверняка не русское и не славянское, а её носители в России, скорее всего, потомки переселенцев или представителей народов Кавказа и Закавказья. В исконно русской ономастике нет суффикса -ин, который присоединялся бы к основе «Зей», потому что эта основа не имеет славянских корней. Если бы фамилия была русской, её форма звучала бы как Зеев или Зеин, но написание через «й» выдаёт иную языковую среду.

Самая вероятная версия — тюркское или кавказское происхождение. В тюркских языках (азербайджанском, турецком, кумыкском) есть имя или прозвище Зей, восходящее к арабскому «зейн» (زين) — «красота», «украшение», «достоинство». В таком случае фамилия Зейин означает «принадлежащий Зею» или «сын Зея», а суффикс -ин выполняет ту же патронимическую роль, что и в русских фамилиях, но на местной почве. На Кавказе и в Закавказье русская администрация часто русифицировала местные фамилии, добавляя окончания -ов/-ев или -ин, поэтому Зейин могла возникнуть как адаптированный вариант тюркской фамилии Зейли, Зейоглу или дагестанской Зейилов.

Менее распространённая гипотеза — еврейское происхождение. В еврейской среде (особенно у горских евреев) встречается фамилия Зейинов, также связанная с тем же корнем «зейн» — «красивый». Однако форма без суффикса -ов (-ев) встречается реже. Если фамилия действительно еврейская, она могла быть записана при переписи как Зейин из-за особенностей произношения или ошибки писаря.

Географически фамилия Зейин сегодня встречается в России, Азербайджане, Дагестане и среди тюркских народов. В русских архивах она крайне редка, что подтверждает её неисконный характер. Носители этой фамилии, скорее всего, происходят из семей, где родным языком был тюркский или один из дагестанских, а фамилию оформили по русской модели в XIX–XX веках.

Словообразовательно фамилия проста: основа Зей + патронимический суффикс -ин. Ударение, вероятно, падает на первый слог: Зе́йин, хотя в тюркском оригинале ударным был бы второй слог. Споров о корне здесь почти нет — все версии сходятся на арабском «зейн» как на источнике, разница лишь в том, через какой язык и народ эта основа пришла в фамилию.