Фамилия Зейдин — редкая и неочевидная для русского уха. Её происхождение почти наверняка связано не с исконно русским корнем, а с еврейской традицией именования. Скорее всего, это вариант фамилии Зейдель или Зейдман, образованной от мужского личного имени Зейдл (уменьшительная форма от Зейд, что на идише значит «дед» или «старец»). В таком случае фамилия Зейдин означает «потомок Зейдла» или «принадлежащий к роду того, кого звали Дед».

Форма с окончанием на -ин в данном случае не указывает на русский патронимический суффикс вроде «сын Ивана». Среди ашкеназских евреев, особенно на территориях бывшей Российской империи, фамилии на -ин нередко возникали при адаптации к местной бюрократии: чиновники русифицировали окончания, и Зейдель превращался в Зейдина. Суффикс -ин здесь — знак грамматического согласования, а не исконного отчества.

Есть и другая, менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть от тюркского или арабского имени Зайд (в значении «прибавление», «изобилие»). Однако в таком случае написание обычно было бы Зайдин, а не Зейдин. Исламский след в фамилии Зейдин возможен, но редок: для мусульманских народов Поволжья и Кавказа типичнее окончания -ов/-ев.

Географически фамилия Зейдин встречается в основном среди еврейского населения бывшей черты оседлости — в Беларуси, на Украине, в Молдове, а также в центральных губерниях России, куда евреи могли переезжать после отмены ограничений. Встречается она и у потомков эмигрантов в Израиле, США и Германии.

С точки зрения словообразовательной модели, Зейдин стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Бердин (от Берл — «медведь»), Гершин (от Герш — сокращение от Гершон) или Лейбин (от Лейб — «лев»). Все они построены по одному принципу: основа — личное имя на идише, окончание — русифицированное -ин. Никакого особого сословного или профессионального значения у этой фамилии нет: предки носителя фамилии Зейдин были, скорее всего, ремесленниками, торговцами или мелкими служащими, а не дворянами или духовенством.