Фамилия Зейнуллин — яркий пример того, как русская модель фамилии (суффикс -ин) накладывается на имя тюркского происхождения. В основе лежит арабское имя Зейнулла, которое в тюркской среде приобрело форму Зейнулла или Зейнулли. Имя составное: «зейн» (украшение, краса) и «Аллах». В буквальном переводе Зейнулла означает «украшение Аллаха» или «краса Бога». Это теофорное имя, то есть содержащее в себе указание на Бога, распространённое в исламской культуре среди татар, башкир, казахов и других народов.

Поскольку фамилия образована по русской патронимической модели, человек по имени Зейнулла становился Зейнуллиным — то есть «сыном Зейнуллы» или «принадлежащим роду Зейнуллы». Суффикс -ин указывает на принадлежность к отцу или предку, что типично для фамилий, образованных от имён, оканчивающихся на гласный или мягкий согласный (ср. Ильин, Пушкин). Это говорит о том, что фамилия складывалась в среде, где уже действовали русские делопроизводственные нормы: при переписях и записях в метрические книги татарское имя просто «обрусевало» через добавление суффикса.

Интересная деталь: в отличие от фамилий на -ов (Зейнуллов), форма Зейнуллин встречается реже и указывает на более позднюю фиксацию или на диалектную особенность произношения. В татарском языке имя Зейнулла часто звучало как Зейнулли, отсюда и основа на мягкий согласный, давшая именно -ин, а не -ов. Географически фамилия Зейнуллин наиболее характерна для татарских и башкирских регионов Поволжья и Приуралья, а также встречается среди казахских родов, прошедших через русскую административную систему в XIX веке.

С точки зрения социального контекста, носители фамилии — потомки либо мулл и образованных людей (имя Зейнулла давали нередко в семьях, чтивших религиозную традицию), либо крестьян, получивших фамилию при переписи по имени отца. Сословной привязки к дворянству нет: это массовая фамилия, распространённая в среде татарского и башкирского крестьянства и мещанства. В дореволюционных источниках она фиксируется в метрических книгах мечетей Оренбургской, Уфимской и Казанской губерний.