Фамилия Жаголкина — женская форма фамилии Жаголкин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Жаголка. Слово «жаголка» в русских говорах не зафиксировано в словарях литературного языка, но его можно связать с диалектным глаголом «жагать» — жечь, палить, припекать. В таком случае Жаголка — человек с жгучим, колким нравом, острый на язык, либо тот, кто работал с огнём: кузнец, смолокур, обжигальщик извести или угля. Суффикс -к- в основе типичен для прозвищ, образованных от глаголов: «жагать» → «жагалка» → «жаголка» с чередованием гласных (а/о), которое часто встречается в народной этимологии и устной речи.

Фамилия редкая. По данным переписей и телефонных справочников, Жаголкины встречаются в основном в центральных и северных областях России — в Костромской, Вологодской, Нижегородской. Это указывает на севернорусское или владимирско-поволжское происхождение. Модель образования — типичный «-ин»: от слова, оканчивающегося на -а, фамилию давали по отцу или главе семьи (Жаголка → сын Жаголкин). Суффикс -ин, а не -ов, говорит о том, что прозвище было бытовым, а не церковным: в древнерусской традиции так образовывали притяжательные прилагательные от имён и прозвищ на -а, -я.

Менее вероятная, но возможная версия: связь с «жагол» или «жогол» — в некоторых говорах так называли оводов и слепней (от «жалить»). Тогда прозвище Жаголка мог получить назойливый или сварливый человек. Однако эта гипотеза слабее, так как слово «жоголь» чаще встречается в южных говорах, а сама фамилия тяготеет к северу.

В документах фамилия не фигурирует среди дворянских родов, не попала в «Общий гербовник». Скорее всего, Жаголкины — крестьянский или посадский род. В XIX веке носители фамилии могли быть государственными крестьянами, ремесленниками или мелкими торговцами. Сейчас фамилия сохранилась в единичных семьях, что делает её ценной для локальной генеалогии: каждый известный Жаголкин — потомок одного или двух небольших родов, и их историю можно восстановить по метрическим книгам и ревизским сказкам.