Фамилия Жакобина — один из тех случаев, когда форма на -ин обманчива. На первый взгляд кажется, что перед нами типичная русская фамилия, образованная от имени или прозвища с помощью суффинкса -ин. Но основа здесь не русская, а западноевропейская, и это сразу задаёт другой вектор поиска.

Корень фамилии — имя Жакоб, французская форма библейского имени Иаков (Яков). Во Франции и франкоязычных регионах (например, в Швейцарии или Бельгии) фамилии Жакоб, Жакобин, Жакобина встречаются регулярно. Русское окончание -ин в данном случае — не родовой суффикс принадлежности («чей?»), а результат адаптации французского суффикса -in, который в оригинале образует уменьшительные или патронимические формы. То есть Жакобина — это не «дочь/жена Жакоба», а калька с французского «маленький Жакоб» или «потомок Жакоба». В русском языке при заимствовании фамилия получила окончание по женскому роду, что закрепилось в документах.

Географически фамилия тяготеет к югу России и областям, где в XIX — начале XX века селились иностранные специалисты и колонисты. Особенно вероятна связь с французскими или швейцарскими переселенцами, которые работали гувернёрами, ремесленниками или инженерами. Встречается она и среди потомков обрусевших дворянских родов, где брали фамилию по материнской линии. В советское время фамилия могла быть изменена под русское звучание, но исходная форма сохранилась.

Споров вокруг этимологии почти нет: все сходятся на том, что это русифицированный вариант французской фамилии. Альтернативная версия — связь с итальянским Giacobina — менее вероятна, так как итальянские фамилии в России редки и обычно не получают окончание -ин. Таким образом, носитель фамилии Жакобина почти наверняка имеет предка, которого в России звали Жакобом или который сам приехал из Франции или Швейцарии.