Фамилия Жакубов — один из тех редких случаев, когда происхождение почти не вызывает споров, но при этом она легко путается с более известными однокоренными фамилиями. Её основа — личное мусульманское имя Жакуб, арабская форма библейского Иакова (в русском обиходе — Яков). В тюркских языках, особенно у казахов, узбеков, татар и башкир, имя закрепилось в произношении «Жакуп» или «Жакуб».

Суффикс -ов указывает на русскую модель образования фамилий, которая в XIX—XX веках активно накладывалась на иноязычные имена в документах Российской империи и СССР. Фамилия Жакубов буквально означает «сын Жакуба» или «потомок Жакуба». Это типичный пример патронимической фамилии, но с необычным для русского уха начальным «Жа-» вместо «Я-». Именно поэтому её часто путают с фамилией Якубов, хотя корень один и тот же: разница только в диалектном произношении исходного имени.

Географически фамилия распространена в Казахстане, Киргизии, в Башкортостане и Татарстане, а также среди кавказских народов, где имя Жакуб бытовало в локальных вариантах. Встречаются также формы Жакупов (с более тюркским суффиксом) и Жакубаев.

Интересная деталь: в дореволюционных метрических книгах и переписях фамилию могли записывать по-разному — Жакубов, Якубов, даже Жакубьев, в зависимости от грамотности писаря и местной произносительной нормы. Поэтому при поиске предков стоит учитывать все варианты написания, особенно если семья из Поволжья или Средней Азии.