Фамилия Жакупова образована от мужского имени Жакуп, которое является казахским фонетическим вариантом древнееврейского имени Якуб. В свою очередь, имя Якуб восходит к библейскому Иакову и переводится как «сопровождающий, не отстающий, идущий следом». В казахской среде имя Жакып (или Жакуп) было хорошо известно благодаря пророку Иакову, которого почитают в исламской традиции. Нарекая сына этим именем, родители желали ему вырасти настоящим мужчиной — крепким, верным, надёжным.

Фамилия строится по классической русской модели: к основе Жакуп- добавляется суффикс -ов, образующий притяжательное прилагательное со значением «принадлежащий Жакупу». Окончание -а указывает на женскую линию рода. Таким образом, потомок человека по имени Жакуп со временем получил фамилию Жакупова. По своему происхождению эта фамилия — типичная для казахско-русского пограничья, где тюркские имена оформлялись русскими патронимическими суффиксами в ходе делопроизводства XIX — начала XX века.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна, но именно она позволяет отнести фамилию к числу тех, что хранят память о доисламском и раннеисламском пласте имён, распространённых в степи. Род Жакуповых мог происходить из разных регионов Казахстана, но чаще всего такие фамилии встречаются в северных и центральных областях, где оседлое население активно записывали в метрики и переписи.