Фамилия Жарнакова — женская форма от Жарнаков, а та, в свою очередь, образована от прозвища Жарнак. В русских говорах словом «жарник» называли большой костер в поле, который разводили по ночам во время осенней молотьбы. Прозвище Жарнак могли дать по разным причинам: ребенку, родившемуся в страдную пору у такого костра; неудачливому хозяину-погорельцу, потерявшему все имущество в пожаре; или человеку с огненно-рыжими волосами, «горящими», как жар.

Менее вероятна, но тоже встречается в любительских словарях версия, связывающая фамилию с французским городом Жарнак. В этой трактовке Жарнаком называли либо уроженца этого города, либо мошенника — из-за исторической репутации местных жителей. Однако такая гипотеза лингвистически слаба: для русского бытового прозвища куда естественнее опора на местное слово «жарник», чем на топоним из далекой Франции.

Суффикс -ов в основе указывает на типичную модель русских фамилий: «чей?» — сын Жарнака, то есть потомок человека с таким прозвищем. Встречаются и однокоренные фамилии — Жарников, Жарнаков, что подтверждает народную, а не книжную природу слова.