Фамилия Жернакова — классический пример русского «профессионального» именования, образованного от названия орудия труда. Её основа — слово «жернов», то есть мельничный камень, которым мололи зерно. Прозвище Жернак могли дать человеку, работавшему на мельнице, — либо самому мельнику, либо подмастерью, который следил за исправностью жерновов. Модель образования проста: суффикс -ов- (в женском роде -а) присоединился к прозвищу, и получилось «чей?» — Жернакова, то есть дочь или жена Жернака.

В русских говорах слово «жерн» (с утратой -ов-) встречалось как сокращённая форма; отсюда и прозвище, лёгшее в основу фамилии. Другие однокоренные фамилии — Жернов, Жерновков, Жернаков — различаются только суффиксами, но корень у всех один, и связан он с мукомольным делом.

Поскольку мельник в крестьянской общине был человеком заметным и небедным, прозвище могло закрепиться за его семьёй. Однако есть и вторая, менее очевидная версия: в некоторых диалектах «жернак» называли упрямого, твёрдого человека — по аналогии с крепостью камня. Кремнистый жернов не трескался при ударе, отсюда и переносное значение: «человек со стержнем». Так что фамилия могла возникнуть не только по ремеслу, но и по характеру.

Самый известный след Жернаковы оставили в Сибири, где фамилия получила купеческий вес. Ипполит Александрович Жернаков в 1885 году основал в Колывани свечной и мыловаренный заводы, а его «Товарищество И.А. Жернаков с сыновьями» владело сотней магазинов по всей Сибири. Торговали там всем подряд — от хомутов и сенокосилок до мяса и тропических фруктов. Благодаря этому роду фамилия перестала быть просто крестьянским прозвищем и вошла в историю сибирского предпринимательства.