Фамилия Жарновникова — женская форма фамилии Жарновников, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффиксальной модели. Мужской вариант образован по типу «основа + -ов», что типично для русских фамилий второй половины XVII–XIX веков. Основой послужило прозвище или профессиональное имя Жарновник. В нём выделяется суффикс -ник, который в восточнославянской ономастике указывает на лицо по роду деятельности или характерному признаку.

Корень «жарн-» восходит к древнерусскому «жьрны» — жёрнов, мельничный камень. Отсюда прямое значение: Жарновник — это, скорее всего, не просто мельник, а мастер, который изготавливал жернова или занимался их установкой. В говорах слово «жарновник» могло означать и каменотёса, специализировавшегося на мельничных камнях. Такая профессия была востребована в регионах с развитым водяным или ветряным мукомольным производством — на севере и в центральной России, особенно в лесных и речных зонах.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Жерновков, Жернаков, Жарнов) показывает, что вариант с «а» вместо «е» — не ошибка, а диалектная черта. В северных и сибирских говорах «жарно» вместо «жерно» встречается до сих пор. Это даёт географическую привязку: носители фамилии Жарновниковы исторически концентрировались в Архангельской, Вологодской и Пермской губерниях. В переписях XIX века такие фамилии фиксировались у государственных крестьян и мещан — людей свободных, но занятых тяжёлым ремеслом.

Споров вокруг происхождения почти нет: версия о связи с «жаром» или «жарить» лингвистически слаба, потому что суффикс -ник при глагольной основе давал бы значение «тот, кто жарит», а не «жарновник». Правдоподобнее всего — профессиональное прозвище по изготовлению жерновов, которое закрепилось как фамильное имя в нескольких поколениях. Женская форма Жарновникова появилась естественным путём, когда дочери или вдовы наследовали двор или записывались в ревизские сказки.