Фамилия Ждиханова — редкий пример, где славянская словообразовательная модель накладывается на тюркское имя. Основа здесь — мужское личное имя Ждихан, которое, в свою очередь, составное. Первая часть, «Жди», восходит к тюркскому «жди» (в разных диалектах — «жди», «йиди», «иди») — «владелец», «хозяин» (ср. с узбекским «эга», казахским «ие»). Вторая часть — «хан», титул верховного правителя у тюркских и монгольских народов. Таким образом, Ждихан дословно означает «владеющий ханом» или «хан-владелец», что было почётным именем-пожеланием: родители могли так назвать сына, желая ему власти и уважения.

Суффикс -ов- (в женском роде -ова) указывает на принадлежность: Ждиханова — это «дочь или жена Ждихана». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от крестильных или мирских имён, но здесь она закрепилась за человеком, чей предок носил тюркское имя. Фамилия могла возникнуть в среде, где русские фамильные окончания (притяжательные прилагательные) стали давать носителям нерусских имён — например, среди крещёных татар, башкир или в смешанных регионах Поволжья и Приуралья.

Географически фамилия Ждиханова встречается редко и преимущественно в тех областях, где исторически соседствовали русские и тюркские народы: в Оренбургской, Челябинской, Самарской областях, а также в Татарстане и Башкортостане. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках она почти не фиксируется — это говорит о её позднем закреплении: вероятно, в XIX — начале XX века, когда крестьянам и мещанам массово присваивали фамилии по отцу.

В отличие от более частых фамилий на -ин (Ждихин), вариант с -ов- (Ждиханов) встречается реже. Если бы основа была славянской (от глагола «ждать»), фамилия звучала бы как Жданов или Ждаханов — с корнем «жд-». Тюркское происхождение корня «жди» подтверждается и тем, что в некоторых диалектах имя Ждихан записано как Йидихан или Эдихан, что снимает ложную ассоциацию с ожиданием. Таким образом, носительница фамилии Ждиханова может с высокой вероятностью считать своими предками людей из тюркоязычной среды, принявших православие и получивших фамилию по имени отца — Ждихана.