Фамилия Желдубин — редкая и звучит необычно. Её основа — не имя и не профессия, а прозвище, и чтобы его понять, нужно вслушаться в корень. В русских говорах слово «желдуб» или «желда» имело несколько значений, и все они связаны с характером или внешностью.

Самая вероятная версия отсылает к слову «желда» — так в некоторых областях называли настойчивого, упрямого или даже назойливого человека. Сравните с диалектным «желдаться» (докучать, приставать). Прозвище Желдуба могли дать человеку с трудным характером, который не отступал от своего. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Желдубин, то есть сын или потомок Желдубы.

Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с «желудём» — плодом дуба. В некоторых говорах «желдуб» могло быть искажённым «желудь», а прозвище давали коренастому, крепкому человеку. Однако фонетика здесь спорная: переход «ё» в «е» и появление «б» на конце нехарактерны для литературного языка, хотя в диалектах такое встречается. Поэтому версия с «желудём» остаётся гипотезой, а основная — прозвище по поведению.

По модели образования фамилия типична для северных и центральных губерний России, где был распространён суффикс -ин. Сословно носители Желдубиных, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми — в дворянской среде такие прозвищные фамилии почти не встречались.

Однокоренных фамилий немного: Желдаков, Желдин, Желдунов. Все они образованы от схожих прозвищ, но Желдубин стоит особняком из-за редкого окончания -уба. Это делает фамилию ценной для историков языка — она сохранила диалектное слово, почти утраченное в современной речи.