Фамилия Желтоногина — женская форма фамилии Желтоногин, которая образована по самой распространённой в русском языке модели: от прозвища или прилагательного с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — «жены Желтонога» или «дочери Желтонога». В основе лежит прозвище Желтоног — человек с жёлтыми ногами. Звучит необычно, но в русской ономастике есть целая группа «цветных» фамилий, образованных от цвета частей тела: Белоногов, Черноног, Синегуб. Жёлтый цвет здесь мог означать не только природный оттенок кожи, но и, например, следы от травы (желтушника) или профессиональную окраску — у кожевников, дубивших кожи, или у рабочих, имевших дело с охрой и глиной.

Вероятнее всего, прозвище дали человеку с заметной особенностью — жёлтыми ступнями или голенями. В крестьянском быту, где ходили босиком, такая примета бросалась в глаза. Не исключён и переносный смысл: «жёлтоногим» могли назвать того, кто ходит медленно или с трудом, как бы «вязнет в грязи», но эта версия менее убедительна, так как прямых свидетельств в говорах нет.

Фамилия Желтоногин — редкая. Встречается в центральных областях России, особенно в бывших владимирских и нижегородских землях, где распространены фамилии на -огин, образованные от прозвищ с основой на -ог (как Босоногин, Кривоногин). Аналогичная фамилия Желтоножкин образована от другой формы того же прозвища (Желтоножка), что подтверждает: ядро фамилии — именно цвет ног, а не ремесло или место жительства.

Сословно Желтоногины, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В документах XVII–XVIII веков встречаются единичные упоминания: в писцовых книгах Суздальского уезда записан крестьянин Федька Желтоногин (1628 год). Это одна из самых ранних фиксаций фамилии. В современной России фамилия остаётся малочисленной, но сохранилась в тех же регионах, а также в Сибири, куда переселенцы уходили в XIX веке.