Фамилия Желтоног — один из тех редких случаев, когда прозвище сложилось из двух полнозначных слов: прилагательного «жёлтый» и существительного «нога». Такая модель образования (основа + основа, без суффикса) в русских фамилиях встречается нечасто, чаще она свойственна украинской или белорусской традиции. Поэтому первое, на что стоит обратить внимание: Желтоног мог возникнуть не в великорусской среде, а на юго-западе, где подобные «живые» прозвища охотно закреплялись в документах.

Самый прямой смысл — человек с жёлтыми ногами. Причины могли быть разными: профессиональное окрашивание кожи (например, у красильщиков, работавших с охрой или растительными пигментами), работа с глиной определённого цвета, либо следствие болезни — желтухи или кожного заболевания. В народе прозвища такого типа давали метко и без обидного подтекста: называли по самому заметному признаку.

Есть и другая версия, менее очевидная. В некоторых говорах «желтоногий» могло относиться к птице — например, к чибису или кулику с жёлтыми лапками. Тогда прозвище получал человек, чем-то напоминавший эту птицу: длинноногий, сутулый, с быстрой походкой. В ономастике такие «птичьи» фамилии не редкость, и Желтоног в этом ряду стоит рядом с Гусевым, Соколовым, Журавлёвым, но с той разницей, что в основе лежит не название, а описательный признак.

Словообразовательно фамилия осталась без суффикса — это так называемая «нулевая» модель, когда прозвище перешло в фамилию без изменений. В русской традиции так оформлялись фамилии украинского происхождения (например, Кривонос, Непийпиво), и Желтоног — из той же группы. Встречается она преимущественно на территории бывшей Черниговской, Полтавской и Харьковской губерний.

Толкование, что родители могли намеренно назвать ребёнка Желтоногом в надежде на здоровье и красоту, — скорее народная этимология, чем научный факт. Прямых свидетельств такой обережной практики для данного прозвища нет. Обычно «цветные» имена-обереги (Черняк, Беляк) давали по противоположному признаку, чтобы отвести беду, а не по прямому. Здесь, вероятнее, прозвище закрепилось за взрослым человеком по реальной примете, а не за младенцем.