Фамилия Желубёнковы — один из тех случаев, когда прозвище предка закрепилось в родовом имени через уменьшительно-ласкательный суффикс. В основе лежит слово «желоб»: длинное и узкое углубление для стока воды, обычно выдолбленное в полукруглом бревне или свёрнутое из листового железа. Но в фамилию перешла не прямая форма «Желоб», а производная — Желубёнок. Суффикс -ёнок в русских прозвищах часто указывал на молодость, маленький рост или подчинённое положение. Получается, что Желубёнок — это «маленький желоб» или «сын Желоба». Иными словами, фамилия могла означать не только того, кто делал желоба или копал сточные канавы, но и потомка человека с прозвищем Жёлоб.

Версия о том, что Желубёнком прозвали высокого и худого человека («длинный, как желоб»), тоже имеет право на существование: внешние черты часто становились основой для прозвищ. Однако более вероятно, что прозвище указывало на ремесло. Мастера по изготовлению деревянных желобов — водосточных труб и корыт для водопоя — были востребованы в любом селе, особенно в северных и центральных губерниях России, где крыши делали с деревянным водостоком.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: прозвище Желубёнок + суффикс -ов, означающий «чей?» — то есть сын или потомок Желубёнка. Ударение в фамилии падает на последний слог: Желубёнковы. В написании сохраняется редкая буква «ё», которая в документах часто заменялась на «е», поэтому в архивах можно встретить вариант Желубенковы.

Точное место и время возникновения фамилии установить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и массово они закрепились лишь к XVII–XVIII векам. Тем не менее, фамилия Желубёнковы — живой памятник народной речи и бытовой культуры: в ней сохранилось название простого, но незаменимого в хозяйстве предмета, а также уменьшительная форма, которая придаёт фамилии оттенок теплоты и старины.