Фамилия Желубёнков — редкий пример того, как прозвище, связанное с конкретным предметом, закрепилось в родовом имени. В основе лежит прозвище Желубёнок, которое образовано от нарицательного «желоб» — длинное и узкое углубление, канал для стока воды, обычно выдолбленный в полукруглом бревне или сделанный из свернутого листового железа. Слово «желоб» в русских говорах дало множество производных, и форма с суффиксом -ёнок здесь не случайна. Этот уменьшительный суффикс в прозвищах часто указывал на молодость или подчиненное положение: Желубёнок — буквально «маленький желоб» или «сын человека, связанного с желобом».

Отсюда две основные версии происхождения. Первая — ремесленная: основатель рода мог заниматься устройством сточных каналов, изготовлением желобов для крыш или водостоков. Вторая версия — внешняя: в народе желобом или желобком могли прозвать высокого, худощавого человека, напоминающего своей фигурой длинное узкое углубление. Обе версии правдоподобны, но первая, связанная с конкретным занятием, встречается в русской ономастике чаще: прозвища от названий инструментов и изделий (Топор, Ковш, Лоток) нередко переходили в фамилии.

Фамилия оформлена по стандартной патронимической модели: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»). Таким образом, Желубёнков — это потомок человека по прозвищу Желубёнок. Фамилия зафиксирована в основном в центральных и северных регионах России, где деревянное зодчество и устройство водостоков были повсеместным ремеслом. Встречаются также варианты написания через «о» — Жолобёнков, что связано с диалектным произношением (аканье или оканье не меняло сути). В словарях русских фамилий эта фамилия не относится к числу распространенных, что делает её особенно ценной для локальной истории: каждый Желубёнков, по сути, хранит память о конкретном ремесле или метком народном прозвище.