Фамилия Жемчужен — редкий случай, когда на слуху фамилия с окончанием -ен, а не более привычные Жемчужников или Жемчугов. В её основе лежит слово «жемчуг», но суффикс -ен указывает на особую модель образования.

Фамилия Жемчужен — это краткое притяжательное прилагательное, отвечающее на вопрос «чей?». Она образована от прозвища или мирского имени Жемчуг через суффикс -ен, который в русской ономастике встречается реже, чем -ов или -ин. По своей структуре она аналогична фамилиям типа Дьячен (от Дьяк) или Ковален (от Коваль). Такая модель была распространена прежде всего на юге России, в украинских и белорусских землях, где суффикс -ен часто заменял великорусское -ов. Поэтому носители фамилии Жемчужен с высокой вероятностью происходят из западнорусских или малороссийских губерний.

Прозвище Жемчуг могло закрепиться за человеком по нескольким причинам. Самая прямая — профессиональная: предок мог быть торговцем жемчугом, ловцом жемчуга (на севере России жемчуг добывали в реках) или ювелиром, работавшим с этим материалом. Однако в народной среде прозвища часто давались по внешности или характеру. Жемчугом могли назвать человека с белыми зубами, светлыми глазами или, напротив, с гладкой, «жемчужной» кожей. Иногда так говорили о человеке маленького роста или о том, кто отличался особой чистоплотностью и аккуратностью.

В отличие от фамилии Жемчужников, которая образована от более сложного названия ремесла («жемчужник» — мастер по жемчугу), фамилия Жемчужен происходит напрямую от личного прозвища. Это делает её более архаичной: она фиксирует не профессию, а индивидуальную черту конкретного человека, прозванного Жемчугом. В документах фамилия могла писаться с окончанием -ен или -ён, но ударение, скорее всего, падает на второй слог: Жемчужен.

Сословно фамилия не элитарна: краткие притяжательные прилагательные на -ен носили в основном крестьяне, казаки и мещане, реже — духовенство. Дворянских родов с такой фамилией практически не зафиксировано. Сегодня фамилия встречается редко, в основном в южных регионах России и на Украине, что подтверждает её географическое происхождение.