Фамилия Жемчужин — одна из тех, что образованы напрямую от названия драгоценного камня. В основе лежит прозвище Жемчуг, которое давали не просто так, а по роду занятий. Скорее всего, первый носитель прозвища был торговцем жемчугом или ювелиром, который работал с этим материалом. В XIV–XV веках прозвища по ремеслу были распространённым способом выделить человека в общине, и имя камня легко закреплялось за тем, кто с ним постоянно имел дело.

Модель образования фамилии простая: суффикс -ин указывает на принадлежность. Жемчужин буквально значит «сын Жемчуга» или «из семьи Жемчуга». Это типичная «патронимическая» форма, но не от имени, а от прозвища. В русской ономастике такие фамилии на -ин чаще возникали от основ на -а, -я, и «Жемчуг» здесь не исключение — фамилия звучит как «Жемчугин»? Нет, именно «Жемчужин»: здесь сработала народная этимология, смягчившая основу для более благозвучного окончания. В документах XV–XVI веков, которые приводит С. Б. Веселовский, встречаются разные варианты: Иван Жемчугин, крестьянин (1564 год, Новгород), Прокофий Жемчужник (1495 год, Новгород) и Иван Жемчужников, дворянин (1584 год). Эти записи показывают, что корень «жемчуг» дал целое гнездо фамилий, и «Жемчужин» — одна из его ветвей.

Особенность фамилии в том, что она не обязательно указывает на высокое происхождение. Среди носителей в XVI веке были и крестьяне, и дворяне, так что сословной привязки нет. Возможно, в некоторых случаях прозвище Жемчуг давали за особую красоту или белизну кожи — по аналогии с самим камнем. Но основная, самая правдоподобная версия — профессиональная: ювелир или купец, торговавший драгоценностями.