Фамилия Жемчужнов — один из ярких примеров «драгоценной» группы русских фамилий, куда входят также Алмазов, Изумрудов, Рубинов. Но в отличие от многих из них, Жемчужнов образована не от названия камня напрямую, а от прозвища или нецерковного имени Жемчуг, Жемчужный. В русской традиции до конца XVII века такие имена давали не в честь украшения, а как пожелание: чтобы ребёнок был редким, дорогим, красивым. Иногда прозвище прирастало к человеку за особую белизну кожи, светлые волосы или склонность к щегольству.

Модель фамилии стандартна для великорусского ареала: суффикс -ов присоединился к основе Жемчужн- (краткое прилагательное «жемчужный»). Это указывает на то, что родоначальника звали не просто Жемчуг, а Жемчужный — то есть прозвище было уже в форме прилагательного. Такая словообразовательная цепочка встречается реже, чем прямая от существительного (Жемчугов), и говорит о более позднем оформлении фамилии или о книжном влиянии.

В документах фамилия встречается с XVIII века, преимущественно в среде купечества и мещанства центральных губерний — Московской, Владимирской, Рязанской. Купцы нередко брали фамилии по товару, которым торговали, и Жемчужнов мог принадлежать торговцу жемчугом или ювелиру. Однако прямая связь с ремеслом необязательна: в тех же сословиях охотно давали «благозвучные» фамилии, чтобы подчеркнуть достаток и статус.

Интересно, что ударение в фамилии плавающее: одни ветви произносят Жемчужнóв (на последний слог), другие — Жемчýжнов (на корень). Второй вариант ближе к исходному прилагательному, но первый типичен для фамилий на -ов, где ударение часто смещается на окончание. В словаре Б. Унбегауна фамилия не выделяется особо, но её однокоренная пара — Жемчугов — встречается чаще и фиксируется раньше, что косвенно подтверждает вторичность формы Жемчужнов.

В дворянских родословных книгах фамилия не засветилась — это почти наверняка непривилегированное сословие. Но именно такие «ремесленно-купеческие» фамилии несут живую историю: за ними стоит не герб, а прилавок с товаром или отцовская надежда на счастливую судьбу сына.