Фамилия Жемчужникова образована от прозвища Жемчужник. Слово «жемчужник» в старину означало мастера, который обрабатывает жемчуг, или торговца этим драгоценным камнем. Поэтому самым прямым объяснением фамилии будет ремесло или занятие предка — ювелирное дело или торговля дорогими товарами. Менее вероятна, но возможна связь с прозвищем, данным за внешность или характер: жемчуг символизировал чистоту, красоту или редкость, и такое прозвище мог получить человек, которого этими качествами наделили в народе.

Фамилии на «-ник» с последующим суффиксом «-ов(-а)» — довольно редкая модель для русского ономастикона. Обычно прозвища на «-ник» указывали на род деятельности (охотник, рыбник, швец), и Жемчужник здесь — не исключение. Суффикс «-ов» в женской форме «Жемчужникова» закрепил принадлежность к роду: буквально «дочь/жена Жемчужникова».

Первые упоминания этой фамилии уходят в XV–XVI века. В «Ономастиконе» академика С. Б. Веселовского зафиксированы: Прокофий Жемчужник, крестьянин (1495 год, Новгород), и Иван Жемчужников, дворянин, пристав у черкасских князей (1584 год). Интересно, что уже тогда фамилия бытовала в разных сословиях — и среди крестьян, и среди служилых людей. Это говорит о том, что прозвище не было закреплено строго за одним социальным слоем, а распространялось по всей Руси.

Стоит обратить внимание на географию: новгородские корни указывают на северо-западное происхождение фамилии. Новгород в Средневековье был крупным торговым центром, где ювелирное дело и торговля драгоценностями процветали. Поэтому версия о ремесленном происхождении предка Жемчужниковых здесь получает дополнительное подтверждение. Потомок человека по прозвищу Жемчужник со временем и получил фамилию Жемчужникова — в женском роде она сохранилась как наследие от отца или мужа.