Фамилия Жемчужникова происходит от прозвища Жемчужник. Вполне вероятно, что такое прозвище мог получить торговец жемчугом или ювелир. Возможно также, что фамилия Жемчужникова была связана с символическим значением этого драгоценного камня. Фамилии, образованные от основы «жемчуг», существовали уже в XIV-XV веках. Так, в «Ономастиконе» академика С.Б.Веселовского записаны: Жемчугин Иван, крестьянин, 1564 г., Новгород; Прокофий Жемчужник, крестьянин, 1495 г., Новгород; Иван Жемчужников, дворянин, пристав у черкасских князей, 1584 г. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Жемчужник, со временем получил фамилию Жемчужникова.