Фамилия Жемчужник — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, не столько указывало на ремесло, сколько на характер или внешность. В отличие от привычных «жемчужных» фамилий (Жемчугов, Жемчужников), образованных через суффикс притяжательности, форма Жемчужник — это прямое именование человека. Суффикс -ник в русском языке типичен для названий профессий (сапожник, плотник) или людей, одержимых какой-то страстью (сквернослов — сквернословник). Так и здесь: Жемчужником могли назвать того, кто торговал жемчугом, занимался его добычей или обработкой. Но есть и другая, более житейская версия.

В народной речи «жемчужником» нередко дразнили щеголя, франта, человека, который любил наряжаться и носить дорогие украшения, в том числе жемчужные. В говорах слово могло иметь ироничный оттенок — так называли выскочку, который «пыжится», старается выглядеть богаче, чем есть. Эта версия правдоподобнее: профессиональные прозвища ремесленников редко закреплялись в фамилиях без суффикса принадлежности (Жемчужников — «сын жемчужника»), а вот прямое прозвище по поведению — вполне. В ономастике такой тип называют «именованиями-характеристиками», и они особенно распространены среди крестьян и посадских людей, где меткое слово быстро становилось уличным прозвищем.

Географически фамилия встречается редко, но не единично. В дореволюционных метрических книгах Жемчужники фиксируются преимущественно в центральных губерниях России — Московской, Тверской, Рязанской. Встречается и на юге, в Черниговской губернии, где были развиты промыслы по добыче речного жемчуга. Это не противоречит обеим версиям: в одних местах прозвище могли дать торговцу, в других — просто моднику. Сословный состав пёстрый: среди носителей есть и крестьяне, и купцы, и мещане. Дворянской ветви с такой фамилией не возникло — в отличие от Жемчужниковых, которые известны по литературе (поэт Алексей Жемчужников), форма без суффикса -ов осталась в низших сословиях.

Интересная деталь: фамилия Жемчужник — один из примеров, когда исходное слово почти вышло из живого употребления. В современном русском языке «жемчужник» как нарицательное не используется, хотя в словаре Даля оно ещё есть в значении «торговец жемчугом» и «франт». Так фамилия сохранила архаичное слово, которое иначе могло бы забыться.