Фамилия Жемчужин (и её более редкий вариант Жемчужины) образована от прозвища Жемчуг. В основе лежит не столько сам драгоценный камень, сколько род занятий или характерная внешность: так могли прозвать торговца жемчугом, ювелира, а иногда и человека с безупречными, ровными зубами, которые сравнивали с жемчужинами. Символическое значение камня (чистота, редкость) тоже могло влиять на прозвище, но бытовые, профессиональные корни встречаются чаще.

Словообразовательная модель проста: к основе «жемчуг» добавили суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность («чей?» — сын Жемчуга). Это типичная патронимическая фамилия, возникшая в среде, где прозвище отца переходило к детям без изменений.

Фамилия эта не нова: в документах XIV–XVI веков уже встречаются похожие формы. У С. Б. Веселовского записаны: Жемчугин Иван, крестьянин (1564 г., Новгород), Прокофий Жемчужник (1495 г., Новгород) и Иван Жемчужников, дворянин, пристав у черкасских князей (1584 г.). Обратите внимание: в одном ряду стоят и крестьяне, и дворяне — фамилия не была закреплена за одним сословием. Прозвище «Жемчуг» мог получить и зажиточный торговец, и простой ремесленник.

Форма «Жемчужины» (во множественном числе) встречается реже, чем «Жемчужин», и обычно указывает на целый род или семью. Такое окончание характерно для фамилий, которые закрепились в документах в форме родительного падежа множественного числа: «из дома Жемчужиных». Эта версия фамилии чаще встречается на севере и в центральных областях России, где подобные окончания были устойчивее.

Точное место возникновения фамилии установить сложно: процесс шёл веками, и одно и то же прозвище могло независимо появиться в разных губерниях. Но ясно одно: фамилия Жемчужин — не книжная, не искусственная, а живая, возникшая из бытового прозвища, которое дали человеку окружающие за его дело или приметную черту.