Фамилия Жемчужин образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Фамилия Жемчужин происходит от прозвища Жемчуг. Вполне вероятно, что такое прозвище мог получить торговец жемчугом или ювелир. Возможно также, что фамилия Жемчужин была связана с символическим значением этого драгоценного камня. Фамилии, образованные от основы «жемчуг», существовали уже в XIV-XV веках. Веселовского записаны: Жемчугин Иван, крестьянин, 1564 г., Новгород; Прокофий Жемчужник, крестьянин, 1495 г., Новгород; Иван Жемчужников, дворянин, пристав у черкасских князей, 1584 г. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Жемчуг, со временем получил фамилию Жемчужин. О точном месте и времени возникновения фамилии Жемчужин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Жемчужин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.