Фамилия Жемчуева — яркий пример того, как в основе русской фамилии может лежать не имя и не профессия, а прозвище, данное за внешность или характер. Её основа — слово «жемчуг». В старину жемчугом называли не только сам драгоценный камень, но и нечто блестящее, чистое, редкое. Прозвище Жемчуг могли дать человеку с ослепительно белыми зубами, светлыми волосами или, наоборот, тому, кто носил богатую жемчужную одежду — например, купцу или боярину. Реже так называли любимого ребенка, «дорогого, как жемчужина».

Модель образования фамилии — от прозвища Жемчуг с помощью суффикса -ев-. В русской ономастике суффикс -ев (наряду с -ов) присоединяется к основам на мягкий согласный или шипящий, образуя притяжательное прилагательное: «чей?» — Жемчуев, то есть сын или потомок человека по прозвищу Жемчуг. Важно, что суффикс -ев, а не -ов, указывает на то, что основа слова оканчивалась на «ч» или «г» в мягком варианте — здесь сработала историческая чередование звуков: «жемчуг» дало «жемчу-» перед суффиксом.

Фамилия редкая и имеет ярко выраженную региональную привязку. По данным исторических документов и современных переписей, Жемчуевы встречаются в основном в центральных и южных областях России, особенно в Курской и Белгородской губерниях. Это не случайно: там издавна добывали речной жемчуг, и прозвище могло возникнуть именно в среде ловцов жемчуга или торговцев им. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования (от названий драгоценных камней) относятся к группе прозвищных, а не крестильных, что подтверждает народное происхождение.

В отличие от фамилий Жемчужников (где суффикс -ник указывает на ремесленника) или Жемчугова (с ударением на второй слог), форма Жемчуева с ударением на второй слог (ЖемчУева) закрепилась в основном у крестьянского и купеческого сословия, а не у дворян. Дворяне чаще брали фамилии с суффиксом -ов- (Жемчугов) или книжные варианты, а «уевский» суффикс — признак более поздней, «простонародной» фиксации прозвища в документах.