Фамилию Жемчужинова чаще всего воспринимают как «драгоценную» — от слова «жемчуг». Но если копнуть глубже, окажется, что прямого отношения к ювелирному делу у предков могло и не быть. В русской ономастике фамилии на -инов обычно образовывались от прозвищ или названий профессий с суффиксом -ин, к которому затем добавили -ов по модели отчества. В данном случае основа — «Жемчужин»: так могли прозвать человека за что-то мелкое, круглое и блестящее (например, за глаза-бусинки) или за пристрастие к щегольству, но скорее всего — за малый рост и подвижность. В народе «жемчужиной» называли не только драгоценный камень, но и пуговицу, бусину, а также невысокого юркого человека.

Суффикс -ов в конце указывает на принадлежность: Жемчужинов — буквально «сын Жемчужина». Это типичная патронимическая модель, распространённая в центральных и северных губерниях России. Встречается фамилия нечасто, но её география любопытна: основные очаги — бывшие Владимирская и Костромская губернии, где было развито кустарное производство пуговиц и бисера. Возможно, предки Жемчужиновых имели отношение к этому ремеслу.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования разбираются в разделе прозвищных фамилий от названий предметов быта. Отдельного внимания заслуживает вариант написания с двумя «ж» — Жемчужжинов, встречающийся в старых метрических книгах. Это не ошибка, а следствие диалектного произношения: в некоторых говорах «чж» звучало как долгий мягкий звук, и писарь фиксировал его буквосочетанием «жж». Сегодня нормативным считается написание через «чж».

Есть и альтернативная, менее правдоподобная версия: от фамилии Жемчужников через усечение. Но она не выдерживает критики, поскольку Жемчужниковы — потомственные дворяне, а Жемчужиновы в подавляющем большинстве — крестьяне и мещане. Сословный разрыв слишком велик, чтобы предполагать общий корень.

Таким образом, фамилия Жемчужинова — это не про богатство, а про меткое народное прозвище. Её носители, скорее всего, были людьми невысокими, подвижными, возможно — мастерами по пуговицам или стеклянным бусам. В любом случае, «жемчужина» здесь — не камень, а человек.