Фамилия Жемчужкина — женская форма фамилии Жемчужкин, и её происхождение прозрачнее, чем у многих других «драгоценных» фамилий. В основе лежит слово «жемчуг», но не в прямом значении дорогого украшения, а, скорее всего, в переносном. В русских говорах «жемчужкой» или «жемчужиной» могли назвать не только жемчужину, но и человека — ласково, с оттенком восхищения: «ты моя жемчужинка». Так могли прозвать красивую, милую, дорогую сердцу девушку или ребёнка. Однако есть и другая, более прозаичная версия: прозвище Жемчужка мог получить человек, имевший отношение к жемчугу — ловец, торговец или ювелир, работавший с ним. В этом случае фамилия образована от названия профессии, что типично для русских ремесленных фамилий.

Суффикс -к- в основе «Жемчужка» указывает на уменьшительно-ласкательную форму, а фамильный суффикс -ин — на принадлежность: «чей?» — «Жемчужкин», то есть сын или потомок Жемчужки. Такая модель характерна для фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а, -я. Если бы основа была на согласный (Жемчуг), появился бы суффикс -ов (Жемчугов), но здесь мы видим именно -ин, что подтверждает прозвищное происхождение от формы на -ка.

Географически фамилия Жемчужкин (и Жемчужкина) — довольно редкая. По данным переписей, она встречается в центральных областях России, а также в Поволжье, где исторически существовал промысел по добыче речного жемчуга, например, в Карелии и Архангельской губернии. Но массового распространения, как, скажем, Кузнецов или Иванов, у неё нет, что говорит об узком, возможно, семейном прозвище. Интересно, что в XIX веке в некоторых купеческих семьях, разбогатевших на торговле жемчугом, фамилию могли дать «по товару», но это скорее исключение.

В отличие от фамилий Жемчугов или Жемчужников, которые чаще указывают на ремесло, Жемчужкина звучит более личностно, почти ласково. Она не говорит о сословии или знатности — её мог носить и крестьянин, и мещанин, и купец. Главное, что объединяет все версии, — связь с чем-то ценным, будь то внешность, характер или занятие предка.