Фамилия Жемчугина образована от прозвища или мирского имени Жемчуга. В основе лежит слово «жемчуг» — драгоценный камень, который, по определению В. И. Даля, представляет собой «самородные шарики, образующиеся в раковинах, причисляемые к драгоценным украшениям». Вероятнее всего, прозвище указывало на род занятий предка: он мог быть ювелиром, огранщиком или торговцем драгоценностями. Однако не менее правдоподобна и вторая версия: Жемчуга — это не прозвище, а дохристианское мирское имя. В народной традиции такие имена давали детям, желая им красоты, чистоты и избранничества, ведь жемчуг с древности служил символом целомудрия и знатного происхождения (например, в Древнем Риме он считался атрибутом аристократии).

Обратим внимание на суффикс -ин в окончании фамилии. Он указывает на принадлежность конкретному человеку: Жемчугин буквально означает «сын Жемчуги» или «человек из семьи Жемчуги». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а или -я. Родственные именования встречаются в исторических документах: в «Ономастиконе» С. Б. Веселовского упомянуты Иван Жемчугин, крестьянин (1564 год, Новгород), Прокофий Жемчужник, крестьянин (1495 год, Новгород), и Иван Жемчужников, дворянин (1584 год). Эти записи показывают, что прозвище было распространено в новгородских землях, причём среди разных сословий — от крестьян до дворян.

Таким образом, фамилия Жемчугина хранит память о предке, которого в его окружении выделяли за связь с драгоценным ремеслом или за личные качества, ассоциировавшиеся с жемчугом.