Фамилия Жемчуев звучит драгоценно, но её происхождение, скорее всего, чисто бытовое и прозвищное. В основе лежит слово «жемчуг», но не в прямом смысле. Маловероятно, что предок торговал жемчугом или был ювелиром — такие занятия редко давали фамилии от названия товара. Чаще всего Жемчуем в народе называли человека с белыми, ровными зубами («жемчужная улыбка») или того, у кого была белая, чистая кожа. В диалектах слово «жемчуй» могло означать что-то блестящее, мелкое или даже нарыв (в значении «жемчужина» как гнойник), но это менее вероятная основа.

Суффикс -ев указывает на притяжательную модель: Жемчуев — сын Жемчуя. Фамилия образована от прозвища, а не от крестильного имени, и это типично для русских фамилий, возникших из яркой внешней черты. Встречается она в основном в южнорусских и центральных регионах, где были распространены «жемчужные» прозвища. Встречается вариант написания с одной «ч» — Жемуев, но это результат упрощения в произношении.

Родственными фамилиями можно считать Жемчужников, Жемчужин, Жемчужный, но они образованы по другим моделям. Жемчужников, например, — более поздняя, «искусственная» фамилия, часто дававшаяся в семинариях. Жемчуев же — фамилия исконная, народная, без книжного налёта. Она не указывает на богатство предка, а скорее на то, что его за что-то ценили или выделяли внешне.