Фамилия Жемчужкин образована по самой распространённой в русском языке модели — от прозвища или мирского имени с помощью суффикса -ин. Суффикс указывает на принадлежность: Жемчужкин буквально означает «сын (или потомок) Жемчужки». Исходное слово — «жемчуг», а уменьшительная форма «жемчужка» в старину могла быть ласковым прозвищем.

Корень здесь прозрачен, но вот что интересно: прозвище Жемчужка вряд ли давали за внешность — например, за белые зубы или светлые глаза. Скорее всего, оно указывало на ремесло или занятие. Жемчужкой на Руси называли мастера, который обрабатывал жемчуг, вставлял его в украшения или торговал им. Жемчуг был ходовым товаром: его добывали в северных реках (особенно в новгородских землях и на Кольском полуострове) и широко использовали для расшивки кокошников, окладов икон и боярской одежды. Поэтому предок носителя фамилии мог быть ювелиром, купцом или ремесленником-жемчужником.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще носили крестьяне и дворяне, фамилии на -ин характерны для разных сословий, но особенно распространены в северных и центральных губерниях России. Географическая привязка здесь неслучайна: основные очаги жемчужного промысла — бассейны рек Варзуги, Умбы, Кеми и Онеги. Фамилия Жемчужкин могла возникнуть именно в тех краях, где жемчуг был частью повседневной жизни.

Стоит упомянуть редкую, но возможную версию: в некоторых говорах «жемчужка» — это не только драгоценность, но и название растения (например, маргаритки или мелких полевых цветов). Однако эта гипотеза слабее ремесленной, так как прозвища по цветам в русской антропонимии встречаются реже, чем по профессиям. Более правдоподобно, что Жемчужкин — потомок человека, который имел дело с настоящим речным жемчугом.