Фамилия Жемчужная происходит от прозвища или мирского имени Жемчужный. В основе лежит слово «жемчуг». Владимир Даль в своём словаре определял жемчуг как самородные шарики, образующиеся в раковинах и причисляемые к драгоценным украшениям. Скорее всего, первый носитель фамилии был ювелиром, торговцем драгоценностями или занимался добычей жемчуга — это версия «профессионального» прозвища.

Но есть и другой взгляд. Жемчуг с древних времён символизировал красоту, целомудрие и избранничество. В Древнем Риме он считался знаком знатного происхождения. Поэтому имя Жемчужный могли дать ребёнку как пожелание чистоты и благородства, без связи с ремеслом. Такие «мирские» имена были распространены на Руси до XVII века и нередко становились основой фамилий.

Фамилия Жемчужная — женская форма. Мужской вариант — Жемчужный. Оба образованы с помощью суффикса -н-, который в русских фамилиях встречается реже, чем -ов или -ин. Эта модель типична для прозвищ, перешедших в фамилии напрямую, без дополнительных патронимических суффиксов.

В исторических документах встречаются родственные имена. Степан Веселовский упоминает Ивана Жемчугина, крестьянина 1564 года из Новгорода, и Прокофия Жемчужника, крестьянина 1495 года оттуда же. Есть запись об Иване Жемчужникове — дворянине, который в 1584 году был приставом у черкасских князей. Эти примеры показывают, что корень «жемчуг» активно использовался в именованиях разных сословий — от крестьян до служилых людей.

Сама фамилия Жемчужная не имеет чёткой географической привязки, но её основа указывает скорее на городскую или торговую среду, где ювелирное дело и торговля драгоценностями были заметным занятием. В крестьянской среде такие прозвища тоже давали, но реже — обычно за особую внешность или характер, а не за ремесло.

Фамилия Жемчужная — не самая распространённая, но и не редкая. Её носители могут с равной вероятностью происходить как из купеческих родов, так и из крестьян, получивших прозвище за красоту или белизну кожи, которую сравнивали с жемчугом.