Фамилия Жемчужные — это наследственная форма, закрепившаяся во множественном числе, характерная для северных и центральных областей России. В основе фамилии лежит прозвище или мирское имя Жемчужный, образованное от слова «жемчуг». В «Толковом словаре живого великорусского языка» В. И. Даль определяет жемчуг как «самородные шарики, образующиеся в раковинах, причисляемые к драгоценным украшениям». Исходное прозвище могло указывать на род занятий: предок мог быть ювелиром, торговцем драгоценностями или мастером по обработке жемчуга.

Не менее вероятна и вторая версия: Жемчужный — мирское имя, которое давали ребёнку с пожеланием красоты, чистоты и избранничества. В древности жемчуг считался символом знатного происхождения (в Древнем Риме) и непременным украшением богини Венеры. Такое имя не было редкостью в среде крестьян и посадских людей. В документах, собранных историком С. Б. Веселовским, встречаются родственные именования: Иван Жемчугин, крестьянин (1564 г., Новгород), Прокофий Жемчужник, крестьянин (1495 г., Новгород), а также Иван Жемчужников, дворянин, пристав у черкасских князей (1584 г.).

Фамилия Жемчужные — это самобытный памятник славянской культуры, который по сей день хранит память о происхождении человека. Обратите внимание на окончание: форма «-ые» (а не «-ый») указывает на коллективное прозвание семьи, рода. В старых переписях так записывали целые семьи или жителей одного двора: «Жемчужные» — то есть «люди из семьи Жемчужного». Такая модель особенно характерна для фамилий северных губерний, где нередко сохранялись архаичные патронимические формы.

Точное время и место возникновения фамилии Жемчужные без серьёзных генеалогических исследований установить сложно, однако её основа ясна: предок носителей этой фамилии был либо искусным ремесленником, работавшим с жемчугом, либо человеком, которого в честь драгоценного камня нарекли мирским именем, веря в его счастливую силу.