Фамилия Жениленко образована по типичной для украинской ономастики модели с суффиксом -енко, который изначально означал «сын» или «потомок». Таким образом, Жениленко — это буквально «сын Женила». Основа фамилии — прозвище Женил, и вокруг его происхождения сложилось несколько версий.

Самая прямая версия связывает прозвище с диалектным украинским словом «женило» — так называли парня, которого уже пора женить. В этом случае прозвище указывало на возраст и социальный статус: молодой, взрослый мужчина, готовый к созданию семьи. С другой стороны, в основе мог лежать глагол «женить», то есть соединять браком. Если предок был сватом или человеком, который помогал устраивать браки, он мог получить прозвище Женил по роду своих занятий. Есть и третья, менее очевидная гипотеза: Женил могло быть производной, народной формой крестильного имени Евгений (от греческого «благородный»). В украинской среде имя Евгений нередко сокращали до Женя, а оттуда уже могли возникнуть варианты вроде Женил.

Как бы то ни было, прозвище закрепилось за родом и стало наследственным, а потом, с помощью патронимического суффикса -енко, превратилось в фамилию. Среди однокоренных фамилий можно назвать Жениленко, Женилов, Женильченко — все они отталкиваются от той же основы, но с разными суффиксами, что типично для разных ветвей одного корня.